A hanyatlás kora ( 1526 - 1700 - as évek )

Észak - Kelet - Magyarországnak ebben a korszakban Kassa volt a kulcsa, így mind János király ( 1526-1540 ), mind Ferdinánd (1526-1564 ) a város megszerzésére törekedett. Hol az egyik, hol a másik híveinek kezén volt a vidék. Egymást érték a csatározások. Talán a legnagyobb pusztítást a Ferdinánd-párti Serédy Gáspár (egyes források szerint az ő nevéhez köthető, a helyi pálos kolostor kifosztása és elpusztítása) követte el embereivel.
Tíz évnyi küzdelem után 1537 dec. 1 - jén a két fél végre aláírja a rozgonyi fegyverszünetet,  "melynek értelmében Gönc a fegyverszünet tartamára semleges terület lett s egyik hadviselő fél joghatósága alá sem került, mert nem tudtak felette megegyezni".
1540 - ben János halálával eldőlt Gönc hovatartozása. Telkibányával együtt János fiát, János Zsigmondot illette meg. 1552 - ben, mikor Izabella anyakirályné elhagyja  Erdélyt, Gönc Ferdinánd kezébe kerül. 1558 - ban az egri hős, Ruszkai Dobó István 7000 ft - ért megveszi Göncöt és Telkibányát. Dobó nem sok örömét leli Gönc birtoklásában, mert a Szepesi Kamara a Mátyás halála utáni időkre hivatkozva magának tartja fenn a város feletti rendelkezés jogát, Dobó nyakára véget nem érő pereket zúdítva.

     Gönc Dobónak különösen azt a lépését sérelmezte, hogy a fürdőházból (fürdő-ház Göncön) lóistállót csináltatott.

1556-ban és 1559-ben törökök rabolták ki és égették fel a várost.
Nem csak a török okoz pusztítást, hanem az átvonuló, táborozó német és magyar katonaság is. Többször előfordult, hogy a királynak járó borkilenceden felül a kapitányok, tisztek sokkal többet foglaltak le saját céljaikra. A polgárok azt sem nézték jó szemmel, hogy a városban élő nemesek mindent irányítani akartak, de soha semmilyen adót, tartozást nem voltak hajlandóak fizetni. Így született meg 1598-ban az a törvény, mely kimondja, hogy a Göncön lakó és birtokkal, szőlőkkel rendelkező nemesek kötelesek engedelmeskedni a város tanácsának és a többi polgárhoz hasonlóan fizetni a kirótt adókat. 1563-ban I. Ferdinánd király pallosjogot^[1]  adott a városnak. 

A bécsi udvar ellenreformációs törekvései nagy ellenszenvet váltottak ki. Gönc különösen megsínylette a király két kapitányának, Belgiojoso grófnak - aki Kassa kapitánya volt- , valamint Giorgio Basta generális hatalmaskodásait. Belgiojoso gróf elfoglalta a kassai templomot és kiűzte belőle a protestánsokat. Basta a katonáinak szabad rablást  engedélyezett..
  1604-ben kitört a Bocskai felkelés. Bocskai egyik hajdúvezére, Lippay  Balázs Göncről hívja hadba Kassa városát és környékét. A Bocskai seregeinek győzelmével záruló felkelés után sincs Göncnek nyugta a török martalócok zaklatásaitól. A „Bocskai mozgalmat” követően, a település a Magyar Királyság egyik legfontosabb hadistratégiai helye. A katonák elszállásolását több éven keresztül bíró Gönc, 1613-ban felmentést kapott eme kötelezettségei alól. A török betörések száma nem csökken, a település lakói ekkor palánkokkal erősítették meg a várost. Az 1630-as évek elején a királyság északkeleti részében a társadalmi feszültség fokozódott, ami a Császár Péter – féle parasztfelkeléshez vezetett. Császár Péter  1631 - ben gönci táborába hívja az elkeseredett népet. A nemesség bár tudja, hogy a nép felháborodása jogos, összefog a katonasággal és szétveri a felkelőket, Császár Pétert pedig Kassán lefejezték

 
A török zaklatásai miatt Abaúj vármegye törvényt hoz: " Göncz felé minden mezővárosban és faluban a nemes és nem nemes lakosság éjjeli őrködéssel és cirkálással tartozik, 12 frt  bírság terhe alatt ".

 
1636 - ban Csáky István lett Gönc földesura. A földesúrnak járó juttatásokon túl követel még a falutól évi 2000 ft-ot, mellyel többéves küzdelmet robbant ki a hozzá hű és a régi jogokhoz ragaszkodó gönci polgárok között. A vita öldökléshez vezetett. A főbíróval az élen megölték azokat a polgárokat, akik Csákyval jó viszonyba voltak vagy nála szőlőmunkát vállaltak. A megtorlás sem marad el: sok gönci végezte a kassai vérpadon.

1644-ben I. Rákóczi György a királyság hét keleti vármegyéjének elfoglalásának céljából hadjáratot indított a Habsburg uralkodó ellen. Ebben az évben március elsejétől, annak végéig innen irányította az eseményeket. Az 1645-ben megkötött linzi béke értelmében, Rákóczi György megkapta a hét vármegyét.

1678-ban több felvidéki településsel együtt, Gönc is Thököly Imre, „a kuruc király” kezére került. 1682-ben a német csapatok visszafoglalták a térséget, de folyamatos portyáknak és támadásoknak köszönhetően, a település 1687-re kis híján elpusztult.   

Gönc lakói a Rákóczi - szabadságharcban  (1703 -1711) is tevékenyen részt vettek. A kurucok akkor is kitartottak Rákóczi - fejedelem mellett, amikor 1706 októberének közepén Rabutin császári tábornok hadai kifosztották a várost, tönkretették a szőlőket, kirabolták a búzásvermeket. Ugyanebben az évben Kassa városé lett a Gönc feletti földesúri jog, ekkor adta el a városnak Csáky István 30000 forint fejében.
Gyógyírként hatott a Rozsnyón írott fejedelmi kiváltságlevél, melyet 1707-ben hirdettek ki és amely  Göncöt hajdúvárossá nyilvánította. Ez  a katonai szolgálat  fejében mentesítette Göncöt  a földesúri szolgáltatások alól. 1709-ben nagy méretű pestis járvány tombol országszerte, így Göncön is.

 
1711 - ben a kurucok a szatmári síkon leteszik a fegyvert. A nagy csatározásoknak vége lett. Azt is mondhatnánk, hogy nyugalom köszönt a városra. A hadak pusztításai után az árvizek és a tűzvészek okoztak gondot. A Hernád többször is kiöntött, akadályozva ezzel a kereskedelmet. A lakosság azonban bámulatos kitartással, hangyaszorgalommal rendbe hozta mindazt, amit az emberi gonoszság  és az elemi csapások elpusztítottak. A csapások ellenére azonban a XVIII. században Göncöt jelentős gazdasági növekedés jellemzi. II. József türelmi rendeletének és az ezzel járó jogoknak köszönhetően épült fel a gönci református templom. Az épületet Lieb Tamás tervei alapján építették, melyet 1786-ban szentelték fel. 1802-ben épült fel a templom 25 méter magas tornya. Az 1848/49-es szabadságharc idején a nemzetőrséghez számos gönci is csatlakozott. A II. nemzetőr zászlóalj harmadik százada Göncről került ki. 1849-ben jelentős szerepet vállaltak a Hidasnémeti és Gönc között lezajló győztes ütközetben. 1867-ben a kiegyezést követően, a településen több olyan intézmény jön létre, mely azt igazolja, hogy ekkoriban nyerte vissza a város az alközponti szerepét. 1872-ben megalakult a Gönci Takarékpénztár. 1909-ben távbeszélő-állomást hoztak létre a településen Ezekben az években hozták létre a ma is működő vasútvonalat.

 A vesztes I. világháborút követően, 1918. novemberében a csehszlovák csapatok megszállták Göncöt. A megszállásnak köszönhetően számos gönci férfi lépett a Tanácsköztársaság Vörös Hadseregébe. A Vörös Hadsereg az 1919. június 5-én lezajló győztes nagyidai ütközetet követően vonult be Kassára. Göncön a Tanácsköztársaság helyi munkástanácsának megalakulása illetve feloszlása mérsékelten történt meg.

A település a két világháború között, a trianoni békeszerződés értelmében módosított határok miatt, tovább hanyatlik. A második világháborúban számos göncit hívtak a frontokra. 1944 szeptemberében egy szovjet légiakna támadást követően két civil gönci lakos életét vesztette. A visszaszorult magyar csapatok december 14-én elhagyták a települést. December 17-én szovjet és román csapatok vonultak át Göncön. Az átvonulás emberéleteket is követelt.

A háborút követően az ország többi részéhez hasonlóan folytak az események. 1956-ban azonban a településen nagyobb felkelés illetve azt követő megtorlás nem volt. A kollektivizálás hullám az 1950-es évek végén eléri Göncöt is. 1960-ban létrejött a Kossuth Termelőszövetkezet, mely a településen a rendszerváltásig a legtöbb munkaerőt foglalkoztató egység volt. A termelő szövetkezett legjövedelmezőbb ága a kajszi termesztés volt. 1965-ig 120 hektár, 1967-ben már 180 hektáron termesztettek kajszit. 1980 és 1990 között újabb nyolcvan hektárnyi gyümölcsöt telepítettek. A település lakóinak munkalehetőséget kínált még a szocializmus ideje alatt a helyi erdőgazdálkodás, fafeldolgozás illetve a kőbánya. A rendszerváltás követően számos korábbi munkalehetőség megszűnt, az életkörülmények pedig jelentősen romlottak.